Перед применением флакон необходимо взболтать! В 3-литровую банку родниковой, кипяченой (если она хлорирована), а лучше всего - фильтрованной - воды при температуре 30-35 °С добавляют 2-4 столовые ложки (30-60 г) мёда или патоки и вливают 40 мл ЭМ-концентрата. Банку закрывают полиэтиленовой крышкой. Прослойку воздуха необходимо сделать как можно меньшей, залив воду под самую крышку. Банку выдерживают при комнатной температуре 5-7 дней или 3 дня при температуре 35 °С. Приготовленный таким образом препарат можно хранить в течение года, постепенно его расходуя. 
Для корневого и некорневого полива развести ЭМ-препарат в пропорции 1:1000 (2 колпачка, или 1 ст. л. на ведро воды) и поливать растения обычным способом – 1 раз в неделю. В зависимости от состояния почвы и растений можно поливать чаще или, наоборот, реже. 
Для приготовления ЭМ-компоста: 
1) развести ЭМ-препарат в пропорции 1:100 (полстакана на ведро воды); 
2) равномерно увлажнить раствором навоз, опилки, ботву или любую другую органику; 
3) хорошо перемешать и накрыть полиэтиленовой пленкой. Уже через 2-3 недели компост можно вносить в околокорневую систему. Нельзя вносить свежий ЭМ-компост в приствольную зону.